W ramach działań bieżących TOE Rada Zarządzająca powołała następujące zespoły zadaniowe, uczestniczące w pracach związanych z rynkiem energii elektrycznej i gazu:

1. Zespół ds. energii odnawialnej i produkowanej w kogeneracji oraz efektywności energetycznej (ZOKE)
   zajmuje się problematyką handlu energią odnawialną (OZE) oraz produkowaną w kogeneracji, w tym problematyką handlu prawami majątkowymi wynikającymi ze świadectw pochodzenia energii z OZE i z kogeneracji, a także od 2007 roku zagadnieniami związanym z wdrożeniem ustawy o efektywności;
2. Zespół ds. rynku detalicznego (ZRD)
   zajmuje się tematyką i sprawami związanymi ze sprzedażą energii elektrycznej do odbiorców końcowych na tzw. rynku detalicznym, w tym obszarem generalnych umów dystrybucyjnych i umów kompleksowych, ujednoliceniem procedury zmiany sprzedawcy, kodeksem dobrych praktyk;
3. Zespół ds. rynku hurtowego (ZRH)
   zajmuje się tematyką i sprawami związanymi z hurtowym rynkiem energii elektrycznej, ze szczególnym uwzględnieniem roli giełdy energii, giełdowych rynków terminowych oraz rynku kontraktów bilateralnych; także problematyką bilansowania energii elektrycznej oraz zmianami na rynku hurtowym, w tym wdrożeniem elementów rynku mocy;
4. Zespół ds. rynku hurtowego gazu (ZRG)
   misją powołanego w 2012 roku jest aktywne, świadome i pełnoprawne uczestnictwo w kształtującym się rynku gazu w Polsce poprzez udział w przygotowywaniu, recenzowaniu i wdrażaniu prawnej, regulacyjnej oraz biznesowej infrastruktury tego rynku;
5. Zespół ds. rozwoju rynku i uwarunkowań europejskich (ZEU)
   powołany w 2015 roku zajmuje się prawodawstwem europejskim, monitorowaniem procesów regulacyjnych w KE, ACER, ENTSOE oraz nowymi inicjatywami w PL i UE;
6. Zespół ds. nowego modelu rynku energii (ZNMRE)
   od 2023 roku zajmuje się tworzeniem nowego modelu rynku energii;
7. Zespół ds. Raportu TOE (ZR)
   zespół od 2009 roku przygotowuje cykliczny – rocznych raport TOE dot. polskiego rynku energii elektrycznej.